抖店店铺主体关联限单是同一经营主体经营的店铺，不同的经营主体，但是存在同一经营者、实际控制人经营、法定代表人、控股股东的的店铺。

如果抖店店铺主体关联限单存在违规行为，那么平台会看违规的程度，对店铺采取以下措施：

1、如果商家还没有入驻，或者正在入驻环节中，那么平台会限制入驻抖音平台。

2、会提高关联店铺基础保证金的标准，延长结算周期。

3、会扣除店铺保证金、对全店商品进行封禁、限制广告投放、限制发布商品、冻结店铺在平台的一切款项等等。

4、 限制店铺参与平台的各种活动，取消店铺进入精选联盟平台的资格。

5、如果违规非常严重或者造成重大影响的话，那么平台可能会对店铺进行清退处理。

6、如果需要对消费者进行赔付的话，平台会直接扣除店铺关联店铺资金用于消费者赔付，已经违规店铺应该承担的其他款项或者费用。