在保证金中扣除。

当店铺违规会被扣除保证金，例如上传的商品出现问题，或者是发货过程中快递问题，商品出现质量纠纷等。以上问题都会被扣除。

当保证金被扣除一部分，商家需要及时补缴被扣除的金额，使得金额到达保证金标准，如果未补缴齐全，店铺会被关闭停业整顿，直到小店保证金补缴完毕。

另外，部分违规行为会被平台记扣分处理，若扣分满12分店铺会被停业整顿，或者直接封店清退。