抖店商家可以通过以下步骤设置停运地区：
1. 进入抖店商家版APP首页，点击“设置”按钮。
2. 在设置页面中选择“我的店铺”，然后选择“物流设置”。
3. 在物流设置页面中选择“停运地区”，然后选择需要停运的地区。
4. 点击“保存”按钮保存设置。
需要注意的是，如果设置了停运地区，那么在该地区的客户将无法完成下单、支付和配送等操作。如果商家想要重新开放该地区，可以再次进入设置页面，取消对该地区的停运设置。