应将电商公司开抖音小店转给支付宝的店铺保证金5000元记入银行存款,待店铺不经营时,从银行存款中转出,记入其他新付款科目。凡是收入或者支出的保证金均应登记在银行存款科目上,在出具财务报表时,需要说明其是以保证金形式收取或支出的。

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抖音小店保证金的收回做账方法如下：

1. 部分退回：首先，确定自己确实是多交了保证金，然后确定保证金没有因为扣罚等原因少于应缴保证金。接着，填写退款申请，并选择退款原因。平台审核通过后，保证金会在1-3个工作日内退回个体工商户商家可选择退还至经营者个人银行卡或营业执照对公银行账户；企业商家退还至企业对公银行账户。

2. 关店全退：关闭店铺后，小店保证金就会退回。申请流程为：抖店后台>资产>店铺保证金>退保退店>申请的材料齐全、信息完整无误、签字盖章完整、无未结算完的结算单等。阅读关店注意事项，并确认关店。选择【申请关店】。

以上是抖音小店保证金收回做账的方法，希望对您有所帮助。