抖店扣除12分对店铺有影响，会有以下几种影响：

1. 保证金扣除：根据抖店规定，一般违规累积到12分会扣除保证金，以保证金作为处罚。

2. 店铺停业整顿：如果违规情况严重，店铺会被停业整顿。一般情况下，第一次违规会被停业三天，再次违规会被停业七天，如果第三次违规，那么店铺可能会被清退。

3. 信用分扣除：每次违规都会导致信用分的扣除，当信用分低于一定分数时，店铺可能会受到限制或被封禁。

4. 违规所得货款扣除：如果违规行为涉及出售假冒商品、三无产品、违禁商品等，除了上述处罚外，违规所得货款也会被扣除。